Danke für den Tipp aber
mail.server.server2.login_at_startup true
mail.server.server2.check_new_mail true
sind beide bereits auf true.
Ich vermute auch, das durch die Migration irgendwas verstellt wurde. Gibt es denn eine Möglichkeit Thunderbird in den Grundzustand zu versetzen? Dann könnte man alles vorher sichern und mit einer frischen Installation testen.