Um den Thread schließen zu können hab ich die Lösung!
Ich habe einfach eine Mail erstellt und diese als "Vorlage" gespeichert. In diesem Moment erscheint dann auch der Ordner Vorlagen in dem Postfachkonto. Mit Hilfe des Add Ons http://addons.mozilla.org/de/thunderbird/addon/4394 habe ich dann meine HTML Datei die ich in einem normalen HTML Editor erstellt habe eingefügt. Die Pseudo Vorlage gelöscht und die neue Mail als Vorlage gespeichert. Nun war die alte weg und die HTML Vorlage abgelegt.
Auch das Problem dass die Vorlage zuvor in allen Konten einwirkte wurde so abgefangen. Als ich die Vorlage nur mit dem Add On erstellte und noch keine Pseudovorlage erstellte hatte wurde der "Vorlagen" Ordner nicht generiert. Keine Ahnung ob das der Weg war wie er für eine solche Funktion vorgesehen ist, aber Fazit ist dass es funktioniert. Auch ein von Hand erstellter Ordner wurde nicht akzeptiert.
Kurz zur Beschreibung der Vorlage:
Mit dem Add On bekommt man einen weiteren Reiter wenn man eine Mail erstellt: "Quelle(HTML)". In diesen kann man dann in dem Body Bereich seine Vorlage stricken. Ein Tipp zu Bildern: Ich habe die src Eigenschaft auf den Server verwiesen, da alle Versuche die ich lokal anstellte misslangen. Somit wurde kein Bild in den Anhang mitgesendet.