Hallo,
ich habe mein Problem inzwischen selbst gelöst. Ich schreibe die Lösungsschritte mal hier rein, falls irgendjemand mal ein ähnliches Problem haben sollte:
1. Computer vom Internet getrennt. (Das ist der Trick...)
2. IMAP-Konto-Ordner aus der Sicherungskopie ins Verzeichnis kopiert.
3. Thunderbird geöffnet und die Mails (aus der Sicherung) als .eml lokal gespeichert.
4. Wieder online gegangen -> das Konto synchronisiert sich wieder und die Mails verschwinden aus dem Thunderbird-Konto.
5. eml-Dateien mit ImportExportTools in einen Lokalen Ordner importiert.
6. E-Mails per Drag&Drop wieder dahin gezogen, wo ich sie hinhaben wollte.
Viele Grüße!