Hallo hatte das gleiche Problem mit Thunderbird 5.0. unter Ubuntu10.10
Habe die Schritte von n00ris in den Erweiterten Einstellungen vorgenommen, aber auch nach mehrmaligem Neustart keinen Erfolg gehabt.
Dann die Erlösung: Habe in den Einstellungen im Reiter Anhänge für die Dateitypen http und https firefox (mit /usr/bin/firefox ) eingetragen, seit dem werden externe Links wieder im firefox geöffnet. Vielleicht nur Zufall aber es geht...
Grüße