hallo,
das problem besteht weiter, auch nach etlichen updates auf neuere Thunderbird-versionen (momentan bei mir v10.0.2).
ich bin dazu übergegangen, ab und zu auf "Extras" --> "Junk in diesem Ordner löschen" zu klicken und sofort werden alle als junk gekennzeichneten mails in den von mir angegebenen ordner verschoben.