Hallo.
Ich habe das gleiche Problem. Ich verwende Thunderbird in der Version 7.01 in Ubuntu 11.10 . Auch Freenet, auch IMAP. Leider habe ich nicht soviel Mitleid mit dem Vogel, denn mein altes Mailprogramm, Kontact mit KMail hatten nie derartige Probleme und verschoben Nachrichten nach dem Senden immer brav in den jeweiligen Send Ordner. Gleiche Einstellungen etc. Also allein an Freenet und IMAP wirds wohl nicht liegen.