Beim weiteren Durchsuchen des Forums bin ich auf diesen Eintrag mit dem Filter-Protokoll gestossen.
Dadurch konnte ich sehen, WARUM neu eintreffende Nachrichten nicht mehr direkt in den Zielordner verschoben wurden. Der Grund liegt daran, dass eine andere (ältere und weniger genaue) Filter-Regel oberhalb meiner vermeintlich zutreffenden Filter-Regel zuerst zum Zug kam.
Nachdem ich die neueste, genaueste Filter-Regel höher positionierte (welche damit in der Priorität zuerst abgearbeitet wird), funktioniert das direkte Verschieben wieder wie gewünscht.
Ich kann allerdings nicht erklären, wieso das in den letzten Wochen vor dem Update auf 128.2.3esr noch funktionierte und neu nicht mehr. Das ist jetzt aber eigentlich egal.