Ich weiß, der Threat ist alt, aber das Problem ist wohl noch aktuell.
Bei mir trat es auch vor einigen Tagen auf (TB 52.2.1 32-Bit). Ich konnte es beheben, vielleicht haben ja noch weitere Leute das Problem.
Zu den Einstellungen: Ich habe "Nur abonnierte Ordner anzeigen" und "Server unterstützt Ordner, [...] enthalten" aktiviert.
Der Trick war offenbar dann, beim Dialog "Abonnieren" die Ordner alle zu zuklappen, sodass nur die Hauptordner in der Liste zu sehen sind, und auf "Aktualisieren" zu klicken. Nach dem Aufklappen der Ordnerstruktur waren bei mir dann die verschwundenen Unterordner auch wieder da.
Ich hoffe, das klappt bei euch auch!
Gruß,
L