Im Ordner "Mail" gibt es neben "pop3.arcor.de" noch "Local Folders" und "smart mailboxes".
Ich habe eben kurz mal an einen Ordner gedacht, den du mit Suchergebnissen als virtuellen Ordner "e-Mail Kaiser" in den Lokalen Ordner gespeichert haben könntest. Wenn man nämlich einen virtuellen Ordner löscht, geht er nicht in den Papierkorb sondern verschwindet ohne irgend welche Spuren zu hinterlassen (außer in der Datei virtualFolders.dat im Profil). Aber das passt nicht zu deiner Aussage, dass dein versehentlich gelöschter Ordner Unterordner enthielt.
Leider sehe ich keine andere Möglichkeit der Suche als über eine Fernwartung einen Blick auf deine Thunderbird-Installation zu werfen.