Hallo Sebastian,
dein Bild zeigt, dass deine Lokalen Ordner nur die Standard-Ordner Postausgang und Papierkorb enthalten. Also keine Spur von den Ordnern, die du in deiner Einleitung aufgezählt hast. Da ich mir nicht vorstellen kann, dass solche Ordner bzw. ihre entsprechenden Mailbox-Dateien in Local Folders verschwinden ohne irgendwelche Spuren zu hinterlassen, drängt sich der Verdacht auf, dass du deine Lokalen Ordner aus dem Profilordner in ein anderes Verzeichnis ausgelagert haben könntest.
Zunächst noch zwei Fragen:
was verstehst du unter "....nutze dafür die von Thunderbird voreingestellte Ordnerstruktur." ?
Welche Kontenart benutzt du, POP oder IMAP?
Gehe jetzt in das Tab Konten-Einstellungen > Lokale Ordner > Konto-Einstellungen > Nachrichtenspeicher > lokaler Ordner und kopiere den Pfad zum Nachrichtenspeicher deiner Lokalen Ordner.
Bei mir sieht er z. B. so aus