Du hast doch sicher schon einmal den Button "Schnellfilter" in der TB Symbolleiste bemerkt. Er wird standardmäßig angezeigt.
Wenn man diesen versehentlich aktiviert, kann es dazu kommen, dass z.B. nur ungelesene Mails angezeigt werden. Und wenn es keine ungelesenen gibt, dann zeigt TB einen leeren Ordner an mit "Keine Nachrichten gefunden" in der Nachrichten/Themenliste:
Das ist natürlich nur eine Vermutung, weil dieses Problem der "Nachrichten-Auflistung nach bestimmten Kriterien" derzeit in der Hitparade einen Platz weit oben belegt. Wenn der Schnellfilter aktiviert ist, ist es sehr leicht versehentlich auf einen der Buttons in der Filterleiste zu klicken. Uns schon sieht man einen leeren Ordner...
Sind deine persönlichen Ordner innerhalb des IMAP-Kontos erstellt worden oder unten in den "Lokalen Ordnern"?