Da es sich um ein IMAP Konto handelt, sind alle Nachrichten - ob erhalten oder gesendet - auf dem Server deines Postfachanbieters gespeichert und bleiben es auch, wenn du das Konto in Thunderbird löschst. Als zusätzliche Sicherung - schließlich hat jeder schon mal Pferde vor der Apotheke kotzen gesehen - kannst du beim Löschen des Kontos in den Konten-Einstellungen den Haken vor "Nachrichtendateien löschen" weg lassen.
Das bedeutet, dass die Nachrichten dieses Kontos auch weiterhin im Profil gespeichert bleiben, auch wenn das Konto in Thunderbird nicht mehr existiert.
Beim Neuerstellen des Kontos wird natürlich im Profil von TB ein neuer Kontenordner erstellt mit neuen Nachrichtendateien und den zugehörigen Index-Dateien.