ich wäre wenig verwundert, wenn dieser benannte Ordner nicht der eigentliche Profilordner ist, sondern selbst nur ein irgendwohin verschobener Ordner.
Daran habe ich auch schon gedacht, dass sich im Ordner Profiles möglicherweise ein zweiter Profilordner mit einem anderen Namen befinden könnte.
Wenn man aber genauer hinschaut, dann sieht man, dass einige Dateien wie permissions.sqlite, places.sqlite, parent.lock, content-prefs.sqlite, ... ganz aktuelle Änderungs-Stempel haben. Das beweist, dass TB derzeit in diesem Profil gestartet wurde.
Mir fällt allerdings in dem letzten Screenshot noch auf, dass der Ordner "pending_pings" nicht in den Profilordner gehört, sondern in den Ordner Thunderbird, auch wenn das vermutlich nichts mit dem eigentlichen Problem zu tun hat.
Vielleicht schrammelt da auch ein übereifriges "Sicherheitstool" herum und löscht die prefs.js immer gleich
Daran glaube ich nicht. Wenn eine prefs.js Datei korrupt ist, erstellt TB eine neue "jungfräuliche" Datei mit Standardwerten, die mindestens 6 bis 7 kB groß ist; also keine 0 kB große Datei, die Gefahr laufen würde, von einem Reinigungs-Tool gelöscht zu werden.