Das Addon Manually sort folders ändert meines Wissens die Einstellung von mail.accountmanager.accounts, d.h. die Reihenfolge der aufgelisteten Accounts.
Bei mir ändert das Addon diese Einstellung korrekt, d.h. meine Konten haben in dieser Einstellung die von mir eigentlich gewünschte Reihenfolge.
Ich vermute mal, dass Thunderbird 13 die Reihenfolge in mail.accountmanager.accounts nicht mehr auswertet.
Ich kann mit der fehlerhaften Sortierung leben und falls es mich doch irgendwann stört, könnte ich ja auch prefs.js manuell bearbeiten.
Gruß