Ich hatte genau das gleiche Problem: Wenn der Hostname bei zwei Kalendern übereinstimmt, probiert Lightning beim zweiten die schon vom ersten bekannten Credentials. Ein Workaround ist einfach, erfodert aber unter Umständen einen Eingriff ins DNS. Statt gegen:
owncloud.meinedomain.com
synchronisiere ich einen Kalender gegen
alice.owncloud.meinedomain.com
und den anderen gegen
bob.owncloud.meinedomain.com
Dafür habe ich im DNS einen Wildcard-Eintrag *.owncloud angelegt. Je nach Provider sind solche Wildcards oft schon beim Erstellen einer Domain gesetzt. Mit HTTPS muss in diesem Fall natürlich ein Zertifikat neu erstellt werden, das alle Subdomains beinhaltet - oder man lebt mit der Warnung des Certificate Name Mismatch.