Ich habe ein ähnliches Problem, wenn nicht das gleiche.
Mein (IMAP) web.de - Konto akzeptiert zwar den Filter, den ich erstellt habe, aber nur im Posteingang. Damit er auch im Ordner "Unbekannt" funktioniert, muss ich ihn jedesmal per Hand starten ("Ausgewählte(n) Filter anwenden auf:" -> "Unbekannt" auswählen.
Das nervt ungemein! :aerger:
Kann man das nicht automatisieren?? Oder ist das nur ein bug?
[Thunderbird 24.2.0 auf Ubuntu 13.10 im Gnome-Fallback-Mode - aber das dürfte unerheblich sein.. 
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