Nachdem ich heute auch vor diesem Problem stand und im Web keine zufriedenstellende Lösung gefunden habe, habe ich im Lokalen Ordner einen virtuellen Ordner "Virtueller Posteingang" angelegt, der die Posteingänge aller Konten umfasst. Falls POP-Konten auf den Ordner Posteingang im Lokalen Ordner zeigen, kann man diesen auch in den virtuellen Posteingang integrieren.
Allerdings hat mir die Thunderbird-Standardsortierung nicht gefallen, mein virtueller Ordner stand ganz unten im Lokalen Ordner. Deshalb habe ich noch das Add-on Manually sort folders installiert und die Unterordner umsortiert.
Nun ist es so, wie ich es haben möchte.