Hallo Toby,
ich beantworte mal das, was ich spontan weiß (oder zu wissen glaube), ohne nachsehen zu müssen:
Wenn du about:config aufrufst, sind alle Zeilen, die du geändert hast, fett gesetzt.
Die user.js hat beim laufenden Programm Vorrang vor der prefs.js und damit auch vor den Einträgen in about:config, verändert aber beide nicht dauerhaft.
Wenn du Änderungen in der Einstellung einfach von einem Profil auf ein anderes übertragen willst, ist die user.js die einfache Lösung. Was dort eingetragen ist, wird vorrangig behandelt - und lässt sich auch mal vorübergehend ausschalten, wenn du vor dem Programmstart ein "/" vor die zu deaktivierende Zeile setzt.
Ich hoffe, dir damit die wesentlichen Fragen beantwortet zu haben!
Joke