Wenn ich das Problem richtig verstanden habe, dann gibt es eine Mailadresse, die mit 2 Programminstanzen per POP3 bedient wird?!
Der einfachste Weg um die Daten konsistent in beiden Instanzen (egal ob auf zwei Rechnern oder in zwei Profilen) zu behalten ist, wenn man IMAP4 nutzt. Das lässt sich Web.de aber wohl bezahlen.
Mein Vorschlag:
Du erstellst ein Konto, gibst nur 'interne' Serverdaten ein - also z.B. mail.example.com, kopierst die ganzen Daten da rein. Dann meldest Du Dich mit dem anderen Profil an, bindest das lokale Konto ebenfalls ein und kopierst sie in das zu behaltende 'richtige' Konto.
Die Datenübernahme bzw. das Einbinden kannst Du auch mit einem Backup-Tool machen. Nur dran denken: Bevor man an unbekannten Schaltern spielt, ein Backup machen!
Gruss
zotel