Oha habe gerade festgestellt dass in der mbox Datei komischerweise die X-Mozilla-Status Zeile komplett fehlt.
Das erklärt auch warum das Addon nicht funktioniert.
Wie kann das denn sein?
Ist definitv eine mbox Datei aus Thunderbird und hat um die 200MB .
Lösung:
Habe nun einfach mit dem ImportExportTool die mbox in Thunderbird importiert, und siehe da, die Mails sind wieder da.
Die Hintergründe verstehe ich zwar immer noch nicht, aber hauptsache das Problem ist gelöst