Also:
1. wenn Junk-Aussortierung in den Konteneinstellungen nicht aktiviert wird, landet gar nix im entsprechenden Junk-Ordner – sprich: nein, da ist sonst niemand, der Junk beeinflussen würde – nur eine (einzige) Instanz TB; sonst wird nur noch per WinMail-Vista auf nicht-gMail-Konten zugegriffen – da ist aber keinerlei Junk-Aussortierung aktiv. Serverseitig könnte höchstens gar nicht ausgeliefert werden – automatisch im Junk landet da nix.
2. Wird Junk-Aussortieren im TB bei den Konteneinstellungen erstmals aktiviert, landet danach alles, was reinkommt, erstmal als Junk markiert im Junk-Ordner. Was kein Junk ist, muß erst mail mit "kein Junk" markiert werden, dann wandert es wieder zurück in die Inbox; sowas wird später üblicherweise (aber auch nicht immer) nicht mehr als Junk markiert und bleibt in der Inbox.
3. Die nun betroffenen Mails waren zuvor schon entweder explizit als kein Junk markiert worden, oder sie kamen rein, bevor der Junk-Aussortiermechanismus aktiviert worden war.
4. Die betroffenen Mails wurden aus einem innerhalb der Inbox liegenden Unterordner in einen neu angelegten Ordner innerhalb dieses Unterordners verschoben – und zwar zum einen entweder mit TB selbst – oder zum anderen mit WinMail-Vista. Dort landeten sie aber nicht, sondern als Junk markiert im Junk-Ordner. Ich bin allerdings nicht mehr sicher, ob das mit beiden Verschiebemethoden passierte oder nur mit einer; wobei per WinMail-Vista außerhalb von TB, und TB hat sie dann am neuen Ort vorgefunden, eher zutreffen müßte, da ich den TB nur für das nutze, das mit WMV nicht geht (anschauen gewisser verschlüsselter Mails und Zugriff unter OAuth2 wie bei gMail – sowie eben SPAM/Junk-Aussortierung auf Mail-Client-Ebene).
Nachtrag zu 4: das Problem taucht auf jeden Fall dann auf, wenn Mails mit einem externen Client verschoben werden. Ich hatte soeben eine ganze Reihe Junk mit WMV von der allgemeinen Inbox in einen Ordner innerhalb des Junkordners verschoben. Sobald TB aktiv ist, werden diese aus dem Unterordner unterhalb des Junk-Ordners in den Junk-Ordner verschoben.