Wir haben ähnliche, aber weniger schlimme Probleme.
Wir verwenden einen lokalen hMail Server auf den mehrere TB Clients gleichzeitig via IMAP zugreifen. Es kommt häufig vor, dass Nachrichten im Posteingang die vom Nutzer gelöscht wurden, sofort nach dem Löschvorgang wieder im Posteingang erscheinen. D.h. Nutzer klickt entfernen -> Mail verschwindet für den Bruchteil einer Sekunde -> Mail erscheint wieder. Aber: bei allen anderen Clients wird die Nachricht korrekt gelöscht angezeigt, das heißt dass es wohl irgendein Problem mit dem Cache von TB ist. Übrigens lässt sich das Problem lösen indem Thunderbird neugestartet wird.