Ich hatte das selbe Problem und bin auf den Thread gestoßen.
Lösung:
1) Thunderbrird schliessen
2) Im Profilordner global-messages-db.sqlite löschen
3) Im Profilordner Mail bei den Mailkontos die Dateien *.msf löschen
4) Im Profilordner Mail/Local Folders bei allen Ordner und Unterordner die Dateien *.msf löschen
5) Thundebrid neu starten
6) Auf die Lokalen Ordner klicken, dann wird der Index neu erstellt.
Habe mich extra registriert um die Lösung zu schreiben 