Nach einer kurzen Nacht gibt es 2 Workarounds die funktionieren:
1) Nacheditieren von prefs.js mit c:\users\jv\appdata... in /home/jv/...
2) Neu erstellen aller Accounts inkl. Passworteingabe und dann reinkopieren der Mail Verzeichnisse ohne übergeordnete /.thunderbird Verzeichnisse. In diesem Fall ändert sich der Name von Profilverzeichnis in einen neuen Zufallsnamen was aber nicht zu stören scheint