Antwort an mich selbst:
Habe mich mal näher mit der FilterRegeldatei beschäftigt.
Konkret: Im Texteditor die entsprechende Datei geöffnet: C:\Users\<name>\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\<name>.default-release\ImapMail\<name>\msgFilterRules.dat
Erkenntnis:
Im condition Teil der Regel war die letzte Bedingung als AND eingetragen
condition="OR (subject,contains,Rechnung) OR (subject,begins with,Bestätigung Ihrer Zahlung) OR (subject,begins with,Beleg für) OR (subject,contains,Bestätigung Ihrer PayPal-Zahlung) OR (subject,begins with,Sie haben eine Rückzahlung von) OR (subject,contains,Gutschriftbestätigung) OR (subject,is,Informationen zu Ihrer Zahlung) OR (subject,contains,Zahlungseingang) OR (subject,begins with,Rückzahlung von) AND (subject,contains,Ihre Erstattung für )"
Auf OR geändert, der Filter funktioniert wieder.
Warum das Programm einfach mal das letzte OR in ein AND geändert hat... keine Ahnung.
Wobei mir anhand dieses Dateiaufbaus schon leichte Zweifel an der strukturierten Arbeitsweise der Entwickler kommen.
Ja man kann eine config Datei in .dat umbenennen und damit klar machen "da ist meine Bastelei guckt da nicht rein". Aber warum nicht gleich eine .ini draus machen und ordentliche [Abschnitte] für die Regeln einbauen.
Aber egal, der Filter läuft jetzt wieder. Weitere Hinweise/Anmerkungen/Meinungen sind unnötig, mein problem ist behoben, der Thread kann geschlossen werden.