Das, was ihr sucht, versteckt sich unter dem Ordner-Eigenschaften-Punkt "Reparieren". Ich habe nun beobachtet, dass TB anscheinend die lokale Kopiedatei .msf (die durchaus sehr groß werden kann, weil die Kopien alle gelesenen EMails darin gespeichert werden) wegwirft, eine neue anlegt und sich die EMail-Header vom IMAP Server zieht. Danach ist die .msf wieder nahe 0, bis wieder EMails zum Lesen geöffnet werden.
Nur: das muss man mit vielen Klicks für jeden einzelnen Ordner machen. Ich habe keinen Weg gefunden, die Reparatur auf alle Ordner eines Accounts anzuwenden.
Edit: es gibt einen sehr einfachen Weg zur Lösung: beendet TB, geht in AppData/[Name]/Roaming/.../ImapMail und löscht dort alle .msf-Dateien weg.
Beim nächsten Start von TB lädt er alle Verzeichnisse mit Headern neu vom Server. Ich denke, dass das die sauberste Lösung für alles ist. Eignet sich auch sehr gut für eine lokale Sicherung von TB mit all seinen Einstellungen (Verzechnis TB unter Local und Roaming sichern, auf einem anderen PC TB installieren und die neu installierten Verzeichnisse durch die gesicherten hier ersetzen, dann TB starten). Mit der Löschung der msf-Dateien vorher ist der Footprint der Sicherung minimal.