Ich hatte bis heute dasselbe Problem. Der Haken ließ sich nicht permanent setzen. Immer wenn ich zwischen den Konten wechselte, war der Haken wieder verschwunden.
Tagelang hatte ich mit den Einstellungen in der prefs.js herumexperimentiert. Weil ich nach dem Text "Dieses Konto beim Abrufen von Nachrichten einschließen" suchte,
erhielt ich nur Links zu deutschen Forumbeiträgen, die teilweise schon 10 Jahre alt waren.
Ich wollte wissen, wie der Text in der englischen Version lautete, um eine größere Reichweite bei der Suche zu haben.
Ich habe ein Produktiv- und eine Test-Windows. Beide profiles.ini zeigen auf dasselbe Thunderbird-Verzeichnis in einer eigenen Daten-Partition, wo die Einstellungen und die Mails liegen.
In dem Test-Windows habe ich die English (US) Version installiert: https://download.mozilla.org/?product=thund…in64&lang=en-US
Dann habe ich die Einstellung "Include this server when getting new mail" aufgesucht und konnte bei allen vier Konten den Haken permanent setzen.
Danach habe E-Mails an alle vier E-Mail-Adressen geschickt und Thunderbird beendet.
Nach einer Minute habe ich Thunderbird wieder gestartet- und BINGO!!! - alle 4 E-Mails wurden sofort in Posteingang als Unterordner von Lokale Ordner abgelegt.
Danach funktionierte der gleiche Test auch in der deutschsprachigen Version im Produktiv-Windows.
Trotz intensivem Vergleich einer älteren prefs.js mit der neuen habe ich keine entscheidende Abweichung bemerkt.
Die relevante Veränderung ist wahrscheinlich in irgendeiner anderen Datei passiert.
Ich werde das nachtragen, wenn ich noch etwas finden sollte.