*gelöst*
zumindest hab ich jetzt das Problem gelöst. Ich hab noch einmal strikt nach dem Anleitungstext von Thunder alle Einstellungen überprüft. Tatsächlich hatte Thunderbird lokale Ordner für "Gesendet" und "Entwürfe" angelegt, in denen alles entsprechend abgelegt wurde. Darüber hinaus waren in den Konteneinstellungen dann diese lokalen Ordner auch zugeordnet.
Ich habe also wieder die IMAP synchronisierten Ordner ausgewählt.
Somit ist das Problem gelöst, aber warum durch das Update so etwas passiert ist, ist für mich nicht ganz nachvollziehbar.