So, bin jetzt mal einen großen Schritt weitergekommen.
Konfiguration öffnen, und den Wert der beiden Parameter ändern:
x-unicode eingeben, und alle angezeigten Schriftarten auf die gleiche Schrift (bei mir Liberation Sans) ändern.
Alle angezeigten Schriftgrößen auf die gleiche Schriftgröße umstellen (bei mir 13).
x-western eingeben, Vorgehensweise gleich.
Die Änderungen werden direkt übernommen, der Tab Einstellungen kann zum Probieren geöffnet bleiben.
Damit ist der Nachrichtenbereich aller Ordner, außer den bereits vorhandenen Mails im Posteingang geändert und durchgängig gleich.
Welche Parameter die Schriftart der schon eingegangenen Mails noch verändert habe ich noch nicht herausgefunden.
Da können sich mal die Experten dran machen. Fängt bistimmt auch font.xxx an.
Wahrscheinlich wird "Nachrichten das verwenden eigener Schriften" noch von weiteren Parametern gesteuert, egal ob der Haken drin ist, oder nicht.