Nach Neuanlage eines Profils mit dem Profilmanager hatte ich mit diesem das gleiche Problem, das Passwort ließ sich nicht speichern.
Ich habe dann Thunderbird deinstalliert und den Profilordner mir sämtlichen Inhalten gelöscht. Nach Neuinstalation von Thunderbird ließ sich das Konto inkl. gespeichertem Passwort anlegen.
Grüße, maxiN