Ich glaube, es ist so: Beim Filtern durchsucht TB nicht die Mail sondern nur die Informationen, die in den Indexdateien (.msf) stehen. Dort sind aber nicht alle Header gespeichert, sondern nur die Standardheader. Weitere Header können dort gespeichert werden, wenn sie in den erweiterten Einstellungen unter mailnews.customHeaders definiert sind. Fügt man in einem Filter einen Header hinzu, so wird er von TB dieser Einstellung automatisch hinzugefügt.
Soweit, sogut. Aber nun werden nicht für alle schon vorhandenen Mails diese Header nachträglich in die Indexdatei geschrieben sondern nur für zukünftig empfangene Mails. Daher wird zunächst nichts gefunden. Reparieren des Ordners scheint leider nichts zu nützen.