Problem gelöst
Es war wie vermutet eine Kombination aus verschiedenen Ursachen.
Hauptursache war, mein Backup Programm "Back in Time" macht keine Kopien von Dateien größer 1GB. Daher wurden Inbox + Sent nicht gesichert. Beim Rückspielen des Backups waren diese folglich weg.
Da Inbox automatisch angelegt wird und ich eine Woche keine alte Mail angeschaut habe ist dies nicht aufgefallen. Die Inhaltsverzeichnisse waren ja da. Die Inbox hat für die letzten Tage funktioniert. Mit viel Suchen habe ich irgendwo noch eine alte Kopie gefunden und zurück kopiert.
Herzlichen Dank für eure Unterstützung.
Besonderen Dank an Mapenzi