So, jetzt mal nach langer Zeit und viel Testen der vorläufige Abschluss: Wir haben es nun in der angekündigten Variante gemacht, pro Mailkonto die Mails zunächst in einen eigenen Unterordner im Posteingang zu kopieren und über diese Unterordner den virtuellen Ordner zu legen. DIe umgekehrte Variante, "in einem virtuellen Ordner zunächst alle Posteingänge der Konten sammeln und dort dann per Filter in separate Daten-Ordner kopieren" geht meiner Meinung nach so nicht, weil ich auf einen virtuellen Ordner keine Filter legen kann. Aber so oder so geht es nun zumindest halbwegs, obwohl mich das Problem nach wie vor wundert. Danke aber für die Hilfe!
Noch ein Wort zur Ursache: Wir haben weiter getestet und es ist wohl klar, dass die Filter sich gegenseitig behindern, wenn sie auf denselben Ordner zugreifen wollen. Denn Filter, die fälschlicherweise auf einen anderen Ordner kopiert haben, gingen alle tadellos. Macht ja einerseits Sinn, dass Filter A während des Kopierens den Ordner sperrt, andererseits hatte ich erwartet, dass die Filter der verschiedenen Mailkonten dann nacheinander ihre Mails in den Ordner kopieren. Hatte in alten Beiträgen mal gelesen, dass es sein kann, dass das mit zunehmender Größe der Ordner passiert, weil die Prozesse dann aufwendiger werden und sich eher gegenseitig behindern.