Interessant. Ich habe folgendes gemacht: Auf dem CardDAV Server ein weiteres Adressbuch angelegt und dorthin alle Kontakt verschoben. Nachdem das original Adressbuch leer war,hab ich dort nur einen neuen Kontakt manuell angelegt. Der wurde dann problemlos synchronisiert. Dann habe ich in 200er Schritten die Kontakte wieder zurück migriert und nun passt wieder alles... auch löschen und neu anlegen funktioniert.
Es hatte also nichts mit einem Virenscanner, OS, Windows oder Linux zutun. Vielleicht war auf dem CardDAV Server ein Kontakteintrag nicht mehr i.O. und durch das hin und her wieder neu geschrieben... Aber dann ist Thunderbird seit den neueren Versionen empfindlicher, als Android, iOS und Co.
Nun gut, Problem gelöst, falls jemand so ein ähnliches Problem hat.